Bí danh "Fibonacci" được biết đến rộng rãi không được chính Leonardo Pisa sử dụng trong suốt cuộc đời của ông. Lần đầu tiên cái tên "Leonardo Fibonacci" (Lionardo Fibonacci) được ghi nhận trong các tài liệu của Perizolo (Perizolo da Pisa), một công chứng viên của Đế chế La Mã Thần thánh, có niên đại năm 1506.

Nguồn gốc của cái tên "Fibonacci" liên quan đến chữ viết "filius Bonacci" trên bìa tác phẩm của ông "Sách abakus". Câu này có thể được hiểu theo hai cách: như "con trai của Bonacchi" hoặc, nếu coi Bonacchi là họ, "con trai của Bonacchi".

Cũng có một phiên bản cho rằng chính từ "Bonacci" là một biệt hiệu có nghĩa là "may mắn". Thú vị là, chính nhà toán học thường chỉ ký tên là "Bonacci".

Ngoài ra, được biết rằng đôi khi ông đã sử dụng tên Leonardo Bigollo. Trong phương ngữ Toscana, từ "bigollo" có hai nghĩa: "kẻ lang thang" và "kẻ vô công rồi nghề", điều này thêm một chi tiết thú vị nữa cho hình ảnh của nhà khoa học xuất sắc này.