Herkesçe bilinen "Fibonacci" takma adı, Leonardo Pisano tarafından yaşamında kullanılmamıştır. "Leonardo Fibonacci" (Lionardo Fibonacci) adıyla ilk kez, 1506 tarihli Kutsal Roma İmparatorluğu noterlerinden Perizolo (Perizolo da Pisa) belgelerinde yer almaktadır.

"Fibonacci" isminin kökeni, onun "Abaküs Kitabı" adlı eserinin kapağındaki "filius Bonacci" yazısıyla ilişkilidir. Bu ifade iki şekilde yorumlanabilir: "Bonacchio'nun oğlu" ya da Bonacci'yi soyadı olarak ele alırsak, "Bonacci'nin oğlu".

Aynı zamanda, "Bonaççi" kelimesinin "şanslı" anlamına gelen bir lakap olduğu yönünde bir versiyon da vardır. İlginçtir ki, matematikçi genellikle sadece "Bonaççi" olarak imza atıyordu.

Ayrıca, bazen Leonardo Bigollo adını kullandığı bilinmektedir. Toskana lehçesinde "bigollo" kelimesinin iki anlamı vardı: "seyyah" ve "ayıp", bu da bu olağanüstü bilim insanının imajına bir başka ilginç detay ekliyor.