O pseudônimo amplamente conhecido "Fibonacci" não foi utilizado pelo próprio Leonardo de Pisa durante sua vida. A primeira menção a "Leonardo Fibonacci" (Lionardo Fibonacci) foi registrada nos documentos de Perizolo (Perizolo da Pisa), notário do Sacro Império Romano, datados de 1506.

A origem do nome "Fibonacci" está relacionada à inscrição "filius Bonacci" na capa de sua obra "Liber Abaci". Esta frase pode ser interpretada de duas maneiras: como "filho de Bonacchi" ou, se considerarmos Bonacchi como um sobrenome, "filho de Bonacchi".

Há também uma versão que diz que a própria palavra "Bonacci" era um apelido com o significado de "afortunado". Curiosamente, o próprio matemático costumava assinar apenas como "Bonacci".

Além disso, sabe-se que às vezes ele usava o nome Leonardo Bigollo. No dialeto toscano, a palavra "bigollo" tinha um duplo significado: "peregrino" e "vagabundo", o que acrescenta mais um detalhe intrigante à imagem deste notável cientista.