Le pseudonyme bien connu "Fibonacci" n'a pas été utilisé par Leonardo de Pise de son vivant. La première mention de "Leonardo Fibonacci" (Lionardo Fibonacci) est enregistrée dans les documents de Perizolo (Perizolo da Pisa), notaire du Saint Empire romain, datés de l'année 1506.

L'origine du nom "Fibonacci" est liée à l'inscription "filius Bonacci" sur la couverture de son ouvrage "Livre de l'abaque". Cette phrase peut être interprétée de deux manières : comme "fils de Bonacchi" ou, si l'on considère Bonacchi comme un nom de famille, "fils de Bonacci".

Il existe également une version selon laquelle le mot "Bonacci" était un surnom signifiant "chanceux". Il est intéressant de noter que le mathématicien signait généralement simplement "Bonacci".

De plus, il est connu qu'il utilisait parfois le nom de Leonardo Bigollo. Dans le dialecte toscan, le mot "bigollo" avait une double signification : "voyageur" et "fainéant", ce qui ajoute un autre détail intrigant à l'image de ce grand scientifique.